此时朝廷上已有人开始上奏弹劾王澄，为了避免他人抢先得到证据，王澄决定铲除少林寺这个隐患，这天深夜，他召见了手下祁天远。
祁天远原为五台山和尚，法名了空，他一心想要力压同侪，成为方丈人选，却因手段卑劣被逐出沙门。
被放逐后，他一不做二不休，又去武当山偷师，被武当山玄机道长发现击败，干脆下山做了锦衣卫的爪牙。
在王澄的授意下，祁天远重新穿上袈裟化名金光寺的高僧了空大师，试图以高僧的身份去少林寺夺取木棉袈裟，同时接管住持之位。
此时的塞外草原上，一群马贩在营地休息，头领林苍伯有四个女儿，各个身怀绝技，英武非凡，花容月貌。
这天，王澄手下的锦衣卫突然来到草原上，明知这是湖广总督刘大人买下的马，依旧想要强征，马贩们敢怒不敢言。
林苍伯故意暗示马贩们让领头的头马受惊，引发马群失控，以此敷衍过去。
林家的四个女儿见马群失控，跟随牧民们一起策马驱赶马群。
四女中骑术最好的是大姐林英，她手持套马杆下马想要套住领头的头马，奈何马群奔驰太快，一直没能得手。
这时一位身手不凡的青年遭遇马群，他翻身骑上了一匹白马，从一位牧民手中接过套马杆，秒变套马的汉子。
少侠身手不凡，姑娘心生好感。
眼看马群赶完，连忙下马攀谈。
青年自称名叫丁默，一番聊天，他只说有要事前往嵩山。
有道是宝马赠英雄，林英得知丁默要走，当即取出随身匕首赠与对方，外加一匹好马。
丁默随手取出一串佛珠，赠与林英，林英至此对他念念不忘。
与此同时，锦衣卫指挥使王澄率领大批人马突入少林寺，兴师问罪，声称有乱党逃进少林寺，自己奉命前来调查。
圆慧试图辩解，然而王澄根本不在乎真相，他只是借机发难，要求圆慧让出住持之位。
随后自称了空大师的祁天远登场，俩人威逼圆慧退位让贤，圆慧借口说，既然了空大师是圣僧，一定精通佛学，想请他登台讲经。
祁天远生怕露怯，自觉拳怕少壮，直接强行比武。
谁知圆慧功力高深，技高一筹，祁天远把自己看家本领都使出来依旧难以战胜，只好玩起了下三滥的“撒香灰”战术，来骗，来偷袭。
眼看方丈遭遇暗算，武僧们愤而出手，与锦衣卫对峙起来，关键时刻丁默赶到，原来他就是少林罗汉堂的大弟子慧能。
王澄一计不成，下令强攻少林寺，寺中的锦衣卫和外面的守兵里应外合，大开杀戒，逼迫圆慧大师交出木棉袈裟、让出住持之位。
慧能虽然及时赶回少林，但一番激战之后，少林弟子终究寡不敌众。
圆慧大师重伤之际，把木棉袈裟交给慧能几人，叮嘱他们把袈裟送到禅宗发源地正定临济寺，交给自己师弟保管。
王澄搜索少林寺后，没有找到木棉袈裟。当即下令围困藏经阁，并利用手中囚禁的僧众逼迫圆慧大师妥协。
为了保全其他少林弟子的心理，圆慧大师和他的师弟甘愿走入火中、自焚圆寂。
慧能带队前往临济寺途中，被锦衣卫追兵发现，危难之际，慧能决定兵分两路，自己负责引开追兵，让师弟护送袈裟。
他与追兵边打边跑，最终被锦衣卫围困在山崖上，受伤的慧能不愿受辱，毅然跳下悬崖，恰被贩马归来的林苍伯救起，再醒来时已经身在草原。
另一边，慧慈带着三名小师弟一起乔装赶往临济寺，路上慧慈出去打探消息，谁知小师弟意外暴露身份，他为了救出师弟中箭而死，师弟们悲痛之余，心知不能轻易进入临济寺周围，决心暗中等待消息。
草原上，林英与慧能重逢，更是情愫暗生。慧能却心系少林存亡，无暇他顾。
祁天远追踪而至，伪装成少林僧四处打探，偶然看见林英腕上佛珠，知其与慧能有关，便率锦衣卫屠杀牧民逼问。
慧能挺身而出，与祁天远激战，林苍伯为救慧能遇害，慧能只得带林英突围逃走。
林沧伯的另外三个女儿与大姐失散后，选择去求见湖广总督刘大人，希望他主持公道。
锦衣卫一路追杀逃亡的林英，因受伤太重而晕倒。就在慧能和林英两人山穷水尽之时，居然来到了五台山境内，被五台山僧众给救下。
然而清凉寺并非久居之地，五台山方丈帮他们躲过一劫，却难救林英的内伤，直言只有武当派的秘传丹药可以救治。
二人易容南下，奔波千里到了武当。
武当山玄机道长得知少林惨剧，遂收留了慧能，并为林英疗伤。
不久，祁天远从五台山僧众口中逼问到二人下落，带着锦衣卫来到武当山抓人，却被玄机道长阻拦。
祁天远吃了亏，只得暂时退下山，打算调集锦衣卫大军血洗武当山，此时锦衣卫忽然传讯，原来有人马在临济寺附近抓到了护送木棉袈裟的弟子，袈裟也被夺走。
祁天远本要扫平武当，再回少林当掌门，谁知忽然收到王澄的密信。
原来王澄如今被胡广总督刘大人弹劾，为了彻底扫清少林的后患，他命令祁天远加紧急赶回少林寺，解决后患。
另一边，在武当山的慧能伤愈之后，玄机道长打破门户之见，传授林英与慧能二人武当绝学，以破祁天远的武功。
俩人一番修炼后重返少林，此时林英才得知自己暗恋的人竟然真的是个和尚。
深感遭到欺骗的她含恨离去，慧能只能独自上路。
这天少林寺内钟鼓齐鸣，正在举办新一任住持接任大典。
就在祁天远准备披上木棉袈裟，接任住持之际，慧能突然出现在大雄宝殿，早有准备的祁天远一挥手，装扮成锦衣卫的僧众将慧能围在前殿。
而心心念念当方丈的他自己则是去大雄宝殿继续仪式。
慧能与锦衣卫拼杀成一团，忽闻外面喊杀声一片。
原来林英回到草原，找到三个妹妹，又联合五台山僧众，一起潜入了少林寺，放出了少林僧人。
众人一拥而上，跟锦衣卫展开了殊死搏斗。
慧能脱身冲入殿内，与祁天远展开决战。林英亦赶到相助，二人联手击败祁天远。
心知大势已去的祁天远逃入藏经阁，启动机关阻住二人，终将木棉袈裟披在身上，大笑中拔剑自刎，临死仍以手掩伤，唯恐鲜血玷污了身上的木棉袈裟。
贼首伏诛、王澄也已经穷途末路，一切危机化解，慧能被推选为新任主持。
只是当他披上木棉袈裟，再回头望时，那个站在大雄宝殿门外的少女早已不见踪影。
一篇几万字的剧本看完，朱牧叹为观止。
他看看钟山，“我现在总算明白了一件事……”