NERV本部员工和联合国监视部队撤离的同一时刻，消失许久的六号机再一次来到了封印初号机所在的近地轨道之上。
然而此时的它体内并没有任何驾驶员在操纵，原·六号机驾驶员渚薰仍然留在地表，留在第三新东京市的废墟之中。
现在的六号机，是由SEELE训练和制造的人工智能傀儡系统进行控制，所有的行动模式都遵从委员会的指令来进行。
“约定的时刻到了，”从编号为01的漆黑石碑中，传来了委员会议长基路·洛伦兹的声音，“此刻正是我们完成和莉莉丝之间契约的最好机会，人类补完计划将正式进入概括阶段。”
随着SEELE的一声令下，EVA六号机启动了自己的拟神性，巨大的光环浮现在祂的头顶，近地轨道宇宙空间上的漆黑十字架封印棺上浮现了大量呪诅文字，整个十字架棺椁开始快速变形，逐渐展露出封印其中的EVA初号机。
此时的初号机完全是一副通体赤红色的完全核化状态，祂的双眼紧闭，四肢缺失，看不出一丝有意识存在的样子。
但一度神化、并且献祭了祭品的神之机体，永远都是触发冲击的扳机，再加上此时的神之六号机体内的“某位”，已经完全凑齐了一切启动冲击的条件。
被猩红色螺旋包围的漆黑Guf之门再次被打开了，如海啸一般的L力场自负宇宙涌出，以第三新东京市为中心，开始快速向外扩散。
“真正的第三次冲击...开始了！”
葛城美里的声音有些颤抖，但在得知了真相、并且提前做好了准备之后，她已经没有当初看到近·第三次冲击那么慌乱了，加持良治从一旁揽住了她的肩膀，在这幅让她脊背发凉的地狱景象，多少让她得到些许慰藉。
“SEELE的这一轮打击是我们没办法阻止的，”加持良治沉声说道，“但上海支部和本部的残余力量加在一起，让我们仍然有反击的机会...渚司令也会帮助我们的。”
“SEELE的原六号机驾驶员渚薰，”赤木律子皱着眉头说道，“来自委员会的少年，你居然会这么坚信他会遵守诺言，要知道那可是...”
“我当然相信他，”加持良治打断了律子的话，“不，应该说我们现在只能相信他，再也没有另外的选择了。”
就在众人说话之际，猩红的L力场浪潮已经追上了正在空中飞行的运输机，但却在接触黑色运输机前的一瞬间，被一股无形的力场阻挡了下来，不得寸进。
反L力场发生器的成功运作，让飞机上所有的乘客都松了一口气，不由得开始期待起了即将抵达的上海支部的生活。
这些运输机上的所有人，都将会被NERV上海支部所接收，因为在这人类随时可能灭绝的末世之中，继续培养更多的高端人才也成了奢望，那么原本就在本部工作多年的人员，就是最宝贵的人才。
如果这些运输机上庆幸自己劫后余生的人们，但凡看一眼此时的地面的话，他们一定会被这幅景象所震惊：
所有居住大地之上，没有拿到通往避难所资格的人们，此刻都已经因为这不断蔓延的赤红色大地而失去了自身的形体，顷刻之间化为了名为LCL的橙色液体。
但这还不是结束，猩红色的核化大地上，开始一个接一个地涌现出和EVA初号机造型十分相似的红色巨人，这些巨人拥有半透明的身躯，从外侧能看到其内部的神经脉络、骨骼，还有胸口处圆润的核心。