在这个世界因为近三冲又损失了接近一半人口之后，时间差不多已经过去了一整年，在此期间世界各国和各个大型组织似乎都不约而同地陷入了沉默，最起码在青子一伙人看起来这些家伙都没什么动作。
但她知道，像是SEELE这样的惹祸精只是在等待一个时机，一个他们将所有的准备工作全都完成的时机，而那个时机就是现在。
在一个风和日丽的下午，位于日本的第三东京市的废墟之中，重建修复后的NERV本部的残留人员们正在重复着新的一天的工作，不论是作为驾驶员的铃原东治，还是作为作战部长的葛城美里，都和以往没什么不同。
但事情还是发生了，身为临时临时司令的渚薰，此时正站在第三新东京市地表废墟的一处高台之上，他神情肃穆地看向晴朗无云的碧蓝色天空，身旁的加持良治也一言不发地跟在他的身后。
“看来委员会已经做好了准备，”渚薰说道，“一度中断的，终于到了再次开启的时候...”
“我们真的没办法阻挡第三次冲击吗？”加持良治皱着眉头说道，“我们手里还有三号机，还有你...”
“在初号机被委员会带走的那一刻就不可能了，即使是我也不行，”渚薰摇了摇头说道，“去吧，去通知大家，是时候离开了。”
加持良治犹豫了片刻，神色有些挣扎，但还是转身离开了，因为他知道，眼前的这个“人”，是不论如何都不会欺骗他的。
其实关于委员会和碇源渡，以及他们背后的“人类补完计划”的一切内容，在渚薰成为了NERV本部新一任司令不久之后，他就全都告诉了NERV的所有人。
虽然当时众人气愤不已，想要破罐子破摔离开NERV，又或者是想要借助NERV残存力量和三号机进行报复，最终都不了了之了，因为他们的状态几乎等同于被SEELE软禁。
虽然联合国与各大常任理事国都派遣了监视部队入驻如今的NERV，但只要初号机还被挂在轨道上一天，那么常规部队基本上就都形同虚设，这也是为什么各大国没有完全和SEELE撕破脸皮的根本原因。
因为大家都知道SEELE随时可以掀桌子，只要在近地轨道上的初号机一解开封印，那么之前被停止的第三次冲击马上就会再开，到时候剩下的这些人类也要大部分全都玩完。
这样一来，就算是对此感到不满的人利用常规力场奋起反抗，终究还是竹篮打水一场空，还不如为了将来早晚有一天会来的续三冲谋一条后路。
那么理智的选择就是，在SEELE准备完成，再开第三次冲击之前，利用某人“偷偷泄漏”出去的反L系统构建安全区，保证人类种族最后的延续。
但反L系统的制造并没有那么容易，即使是身为最强制造业大国的东大，也只能在短时间内将靠近上海支部所在的长三角地区包围保护起来，而且为了防止民众恐慌，还需要压制信息的传播，把这些反L系统力场生成装置隐藏在普通建筑物之内。