智商的提高，并没有为查理赶走孤独，反而让童年阴影扑面而来。
查理记起了小时候。
他站在小时候的自己面前，看着他母亲逼小查理当一个正常人，在小查理紧张上厕所时不管不顾，然后拉裤子以后大巴掌伺候。而在妈妈生出妹妹，证明自己可以生出一个正常孩子后，她才不想着去改变小查理，然而，小查理终其一生都不曾停止渴望变成她聪明的孩子。
聪明的查理站在记忆中，看到小查理只是想安慰一下哭泣的婴儿妹妹，妈妈却怕他伤害到妹妹，呵斥和惩罚小查理，认为小查理是一个可能会伤害到妹妹的怪物。
小查理想跟妹妹玩，妹妹对他很嫌弃，对朋友说他是父母捡来的，根本不是她哥哥。
他会因为身体不受控制的勃起而发，得到母亲的呵斥。
他最终被送到了面包店打工，而父母分居，让他再也没见过他们。
聪明的查理多想把这段记忆变成相片，把它撕成碎片。
童年的阴影让查理恐惧，害怕，拥抱恋人时喘不上气。
聪明也没有给查理带来朋友，他在面包店的那些“洗欢”他的朋友，因为查理的无知与无趣而看不起他，现在却因为查理的知识而痛恨他。
甚至于——
聪明的查理也在不自觉的加入他们，嘲笑起以前的傻查理。
智慧离间了他和他的朋友。
以前，他们笑查理，鄙视查理的无知无能；现在，他们憎恨查理的知识和理解能力，“为什么？他们想以上帝之名要求我什么呢？”
查理被赶出了面包店。
他和相恋的老师也渐行渐远，因为他的智商在提升，老师跟不上。
至于科学家——
查理和阿尔吉侬只是他们的成果，科学家们在大会上把他们当“物品”一样展示，好像不是两条生命，查理打开了笼子，让阿尔吉侬在大会上跑了出来。
查理看着一群科学家满会场的抓老鼠，他笑了。
后来。
查理找到了阿尔吉侬，去了纽约。
就在此时，阿尔吉侬的疗效变差，它变笨了，它死了。
它让聪明的查理发现，原来手术机理是错的，手术只是把智商临时升高，然后急剧下降。
他预见了自己未来，试图改变，他说，“如果我能找出结果，只要能对已知的心智障碍增添一丝丝了解，能对和我一样的人带来帮助，我就会感到无比满足。无论我的下场如何，我对那些尚未出世生命的帮助，已等于让我活过千百次正常的人生。这样就足够了。”
聪明的查理智商开始下降。
他开始忘掉学过的知识，忘掉到嘴边要说的话，他渐渐地开始看不懂自己以前看过的书。
他怕自己变得越来越糟，所以他去见了他的妈妈。
他一生不曾停止渴望变成母亲聪明的孩子，然而，这时候妈妈神志不清已经认不出他。
查理还见到了自己的妹妹，她长大了，不再讨厌他。
他去向那些科学家告别，“我们并不属于相同层级。我在往上攀升时经过你的楼层，现在我在下降途中再次经过，但我想我不会再搭这部升降梯。所以，此时此刻就让我们相互道别。”
连篇的错别字在报告中再次出现。
用错别字写作的威力开始显现，从刚读时的艰难，顺滑，再到艰难，傻查理又回来了。
他说：“拜托，上帝，别把所有的东西都收回去。”
“拜托…拜托不…不要让我忘记怎么读和写。”
他又变成了从前的查理，又回到了面包店工作，以前的朋友恨他是真，为他难过是真，现在帮他出头也是真，但他已经没有智力去理清这背后的逻辑关系了。
手术彻底失败。
查理又去低能中心上课，见到了老师，告诉她，“纪尼安小姐，我来上课了，但我的书丢了。”
老师哭着跑出去了。
他突然记起什么，为老师写下一段话，让她不要为他难过，因为他学会了很多以前甚至不知道世界上真的存在的事情；他很高兴，即便时间很短暂；他也很高兴发现了所有关于家人的事。
以及——
“如果你有机会请放一些花在后院的阿尔吉侬坟上。”
这只老鼠，它很小，它只是人类对自然规律万千反抗中的一次，却是最懂查理的朋友。
他记得它。