北京方面虽已下达旨意，但受命的沈葆桢坐镇在台湾府城，更多地着眼于全局调度、后勤保障与对外交涉，并未立刻派出大军南下与日军正面交锋。
反倒是台湾本地的排湾族社群，因日军扫荡暴行及对其传统领域的侵犯，愤而组织反抗。
他们利用对崎岖山林的熟悉，以游击方式频频袭扰日军补给线和外出小队。
日军虽然装备着步枪和少量火炮，但在热带山岳丛林地带，重武器难以机动，优势火力无法充分发挥。
排湾族战士神出鬼没的冷箭、陷阱和小股突袭，使得日军防不胜防，进展缓慢，伤亡持续增加。
更致命的是，远征军对台湾南部的湿热气候与疫病缺乏准备，疟疾、霍乱等疾病在营地中蔓延，导致非战斗减员严重，兵力折损近六分之一。
与此同时，英国和美国的代表再次向东京表达了更明确的不满，警告日本的行动已影响贸易并威胁区域稳定。
面对军事上的受挫、疫病的打击以及列强越来越大的外交压力，维新政府意识到，单纯依靠武力难以达成预期目标，且可能陷入更深的泥潭。
他们决定转换策略，寻求通过外交谈判获取尽可能多的利益。
坐镇台湾府城的沈葆桢，敏锐地察觉到了日军攻势的停顿与困境，他当即派遣夏献纶，前往日军的射寮营地，求见西乡从道，探听虚实并传达交涉意向。
西乡从道接见了夏献纶，双方进行了初步接触。
西乡随即将清廷方面有意谈判的消息，通过尚能维持的通讯线路，传回九州，由其兄西乡隆盛火速呈报东京。
大久保利通与内阁要员研判形势后，决定亲自出马，以外务卿的身份前往北京，直接与清廷中枢进行谈判，以求体面收场并攫取实利。
清廷方面以恭亲王奕訢为首，李鸿章、文祥等重臣参与。
大久保开门见山道：“亲王殿下，各位大人。
此次不幸事件，根源在于贵国台湾生番屡次杀害我国属民琉球人。
而贵国官府未能尽到约束保护之责，致使我国不得不兴师问罪，以保护子民，维护国家尊严。
如今，我军已严惩凶顽，本欲撤军，然军费耗费甚巨，将士血汗岂能空付？
且贵国治理不力，导致争端，亦需有所表示。”
恭亲王奕訢沉声道：“大久保大人此言差矣。
台湾为我大清疆土，生番亦为我朝子民，其治理教化，自有朝廷法度。
琉球人遇害之事，自有地方查办，何须贵国越俎代庖，擅动刀兵？此乃侵犯我主权之举。”
李鸿章接口，语气强硬：“贵国未经照会，便派兵侵我台湾，烧杀抢掠，事实俱在。
如今受阻于水土，方提谈判，岂有要求赔偿之理？
我朝未向贵国索要侵疆赔款，已是宽宏。”
大久保不为所动：“国际间之事，强者为尊。
贵国既无力约束边境，致使友邦公民受害，我国依循西洋公法，出兵自卫惩戒，有何不可？
至于赔偿，乃是对我国耗费及贵国失职的补偿，天经地义。
若贵国不允，我军虽暂受困，然本土援兵可续发，届时战事延长，恐非贵国所愿见。”
文祥责问：“即使依你所言，需些补偿，亦当合理。
贵国张口便要巨额赔款，是何道理？”
大久保早有准备：“经核算，此次远征，直接军费及抚恤，约需二百万两白银。
此外，我国为讨伐凶番，维护东亚和平，付出巨大牺牲，贵国作为事端起因方，应额外支付一百万两，作为对区域安宁的贡献及对我国名誉损失的补偿。
总计三百万两白银，分三年付清。”
李鸿章怒道：“三百万两？简直是勒索！
贵国出兵侵我领土，反要我朝赔款，天下岂有此等荒谬之事？
更何况，琉球是否贵国属民，尚存争议！”
大久保语气转冷：“争议？我国对琉球之主权，早已行使多年。
此次事件，正需一个明确的了断。
只要贵国在此次协议中，书面承认‘前次台湾生番杀害琉球难民一事，系因中国政教未能周遍所致’，并承诺今后严加约束，则我国对琉球的统治权，便获得了贵国事实上的承认。
此为谈判之基础，不容置疑。
若连此点都不愿承认，则说明贵国毫无解决争端之诚意，谈判亦无必要。”
这一下让会场气氛有些僵持。
可清廷这边是想息事宁人的。
所以恭亲王等人没有直接拒绝，反而是去据理力争，反复驳斥日本的要求，尤其是承认错误和巨额赔款。
大久保则咬定这两点毫不松口，并暗示若清廷不允，日本国内主战派可能推动更大规模的军事行动，且英美国内亦有同情日本“文明讨伐野蛮”的舆论。
大久保最后说道：“王爷，中堂大人，敝人并非为一己之私或刻意刁难。
此事关乎日本国体尊严与在列强中之地位。
若不能获得合理补偿与贵国对事实的承认，敝人回国无法交代，日本国民亦不会答应。
三百万两赔款，及贵国承认在番地治理上有疏失，导致琉球人遇害，是我国底线。
如此，我国方可名正言顺地彻底解决琉球问题，并体面撤军。
请贵国慎重考虑，时间拖得越久，对贵国在台湾的威信损害越大，列强观望之下，恐生他变。”
谈判暂时陷入僵局，大久保以等待国内指示为由，暂停了会谈。
清日在北京谈判的消息很快传回箱馆。
柳生仔细阅读了关于北京谈判陷入僵局、大久保利通坚持苛刻条件的报告。
日本若在此事上轻易得手，获得巨额赔款及清廷对琉球问题的变相承认。
不仅将极大缓解其财政压力，更会助长其气焰，巩固其维新政府的威望，这绝非他所乐见。
“不能让大久保这么顺心。”柳生自语道，随即吩咐：“请清国公使一叙。”
孙士恺接到邀请，心中忐忑，不知这位北海总统又有何意图，急忙整理衣冠前往。
二人见面寒暄落座后，柳生没有绕弯子，直接切入正题：“孙大人，近日听闻贵国与日本在北京的谈判，似乎不太顺利？”
孙士恺苦笑一声，叹道：“不瞒总统阁下，倭人贪得无厌，不仅妄图索取巨额赔款，更欲逼我朝承认其捏造之是非，实在欺人太甚。
然其挟兵威与列强舆论相胁，朝廷……亦有难处。”
柳生点了点头，神色认真地说：“日本之野心，我北海深知。
其败于我手，元气未复，便急不可耐侵扰贵国，无非是想从贵国身上找补损失，重振声势。
若让其此番轻易得逞，恐其气焰更炽，将来于贵国，于我国，都非幸事。”
孙士恺闻言，心中一动，试探着问：“总统阁下之意是……？”