他囫囵地栖身在中关村一带。后来杨振宁、戴振铎、赵元任、任之恭等人都要来看望他，
被他一一拒绝。当时在中关村，很多人见过他的，他穿着破棉鞋，偶尔会向路边的小贩伸手要点吃的，边走边嚼。遇到学生模样的人，他会上前搭话，但没有人知道他是谁。
有时候他神志清醒些，就会让身边的学生离自己远一点，他说：“你快走，以后见到我的话千万不要理我，躲得越远越好。”这是来自内心深深的恐惧，他怕学生会因为他受到牵连。
多年的病痛终于使他瘫痪在床，卧床期间他的学生来看他，遥想曾经叱咤学界的人物竟然沦落到这般境界，所有人都心酸到流泪。
1976年，叶企孙拒绝治疗。
1977年1月，他终于结束了自己传奇却残忍的一生。
根据当时的相关规定，叶企孙逝世的消息，不得出现在任何刊物和报纸上。
叶企孙去世10年后，在吕正操将军的支持下，他终于得以平反。
平反后清华大学有意要为他塑像，然而依然有人表示：“你们要是为他这样的人塑像，我就尿它”。
1992年，平均年龄高达72岁的127名海内外知名学者联名要求清华大学为叶企孙塑像，1995年，叶企孙先生铜像落成，它就静静地安放在一间简陋空荡的门厅里。
此时叶企孙已然离开了18年。
这是一个国家的悲哀，一个时代的悲哀，斯人已逝，生者何堪……