测试当日，松代试验场笼罩在一片例行公事的严肃氛围中。
明日香独自驾驶着运输机抵达，按照流程完成了各项准备工作。
她穿着熟悉的驾驶服，步伐带着一贯的自信，坐入了EVA三号机的插入栓。
舱门闭合，LCL液体缓缓注入，她调整着呼吸，准备执行这次看似简单的武器测试任务。
想到自己“帮”了绫波丽和那个笨蛋真嗣一个小忙，她嘴角甚至不自觉地勾起一丝微不可察的弧度。
然而，命运的剧变往往发生在最平常的时刻。
三号机启动指令下达，机体各部系统依次激活。
但就在动力核心达到预定输出阈值的瞬间，异变陡生！
驾驶舱内的明日香还未来得及反应，一股狂暴而陌生的意识洪流便如同决堤的洪水，瞬间冲垮了三号机原有的控制系统，也猛烈地冲击着她的精神。
“呜——！”明日香发出一声痛苦的闷哼，试图夺回控制权，但她的指令如同石沉大海。
外部观测屏幕上，三号机的姿态变得异常，关节发出不自然的扭曲声，原本流畅的装甲下仿佛有某种异物在蠕动、膨胀。
紧接着，三号机的头部猛地向上抬起，发出了一声绝非人类、也非EVA应有的、充满亵渎意味的尖锐嘶鸣！
第九使徒，成功夺取了EVA三号机的控制权。
“三号机失控！信号识别为……使徒模式！”试验场的警报凄厉地响起，观测数据瞬间乱码，和平的测试场顷刻间化为混乱的漩涡。
NERV总部指挥中心，刚刚还带着些许轻松的气氛瞬间冻结。
葛城美里一拳砸在控制台上，脸色铁青：“立刻终止测试！强制弹出插入栓！”
“不行！弹出系统失效！三号机……不，是使徒，它隔绝了所有外部指令！”操作员的声音带着绝望。
“让零号机出击！”美里立刻下令。
“零号机仍在修复中，无法启动！”技术人员的回答击碎了最后的希望。
唯一的选项，只剩下初号机。
此时，正满怀期待的想要去赴与父亲之间久违的父子局的碇真嗣，被紧急通讯截停，要求他立刻赶往最近的地下入口，准备驾驶初号机出击。
“又是使徒……偏偏是今天……”真嗣咬着牙，一股难以言喻的怒火在他心中燃烧。
这怪物毁掉了他好不容易才鼓起勇气去尝试的、与父亲沟通的机会。
他带着这股迁怒般的情绪，快速进入初号机，被发射至地面。
然而，当他驾驶初号机抵达松代试验场，看清了敌人的模样，并通过通讯频道接收到作战指令时，他所有的愤怒、所有的怨气，都在瞬间被一股彻骨的冰寒所取代。
“目……目标是……三号机？”他难以置信地重复着指令，“可是……明日香在里面啊！”
葛城美里沉重而急促的声音传来：“真嗣！三号机已被第九使徒完全寄生并控制！明日香无法脱离！你的任务是……击破三号机，消灭使徒！”
击破三号机……消灭使徒……
这意味着，他要亲手攻击，甚至可能……杀死明日香？
真嗣的大脑一片空白。