故事开篇，何小萍因家庭原因辗转来到军区文工团，成为一名舞蹈演员。她自带的“土气”与敏感，让她难以融入集体，常被郝淑雯、林丁丁等家境优越、容貌出众的女孩排挤。
文工团里，刘峰是公认的“模范标兵”，他待人真诚、乐于助人，主动承担团里最苦最累的活，帮战友缝补衣物、深夜帮炊事班拉煤，甚至将去军政大学深造的宝贵机会让给了他人，深受大家敬重。
刘峰对温柔漂亮的独唱演员林丁丁心生爱慕，在一个雨夜鼓起勇气向她表白，还轻轻拥抱了她。然而，这一在常人看来稀松平常的举动，在特殊的时代背景下却被无限放大。
林丁丁的惊慌失措与哭诉，让刘峰从“模范标兵”瞬间沦为“作风有问题”的人。团里的批判大会上，昔日受惠于刘峰的战友们大多选择沉默，甚至有人落井下石，唯有何小萍在心底为刘峰鸣不平——她是唯一看清刘峰善良本质的人，也早已在刘峰的默默关照中暗生情愫。
不久后，刘峰被下放到边境部队，负责搬运物资，告别了他热爱的文工团舞台。刘峰的离开让何小萍彻底看清了集体的冷漠，内心充满失望，她开始故意“消极怠工”，在慰问表演中假装受伤，最终被调离文工团，派往西南边境的野战医院当护士。
彼时，中越边境战争爆发。
刘峰所在的部队奔赴前线，他在战斗中英勇作战，为了掩护战友，不幸失去了右臂，成为一名残疾军人。
而在野战医院的何小萍，目睹了战争的残酷与生命的脆弱，她日夜奋战在抢救伤员的一线，凭借坚韧的意志完成了从柔弱女孩到坚强战士的蜕变。
一次，她参与抢救大批重伤员后，因精神过度紧张出现幻觉，患上了创伤后应激障碍，被送进了精神病院。
战争结束后，文工团也迎来了解散的命运。曾经的团员们各奔东西，开启了截然不同的人生：郝淑雯嫁给了高官子弟，过上了富足的生活；林丁丁嫁去国外，日子过得平淡；其他战友也各自在时代浪潮中打拼，昔日的青春热血逐渐被柴米油盐磨平。
多年后，已是商人的郝淑雯与成为摄影师的萧穗子偶然重逢，两人一同寻找失散多年的老战友。
他们找到了在海口以蹬三轮车为生的刘峰，失去右臂的他生活拮据，却依然保持着骨子里的善良，默默照顾着患病的妻子（这段电影里隐去了一些）。此时因为汽车被扣留刘峰备受欺辱，讽刺的是二代郝淑雯一句“草你妈”帮刘峰赔钱带走了车。
岁月流转，昔日的隔阂与恩怨早已淡化。刘峰与何小萍相依为命，没有惊天动地的爱情宣言，却有着细水长流的陪伴。他们一起散步、聊天，在平凡的生活中相互慰藉。
故事结尾，在一个宁静的午后，刘峰看着身边安静坐着的何小萍，轻轻握住了她的手。萧穗子看着这一幕，感慨万千——
……
其实电影版删减了一个小单元，所以显得刘峰人设比较崩塌，就是他后面突然拥抱林丁丁的很让人意外。
在原版未删减当中，林丁丁刚刚洗完澡，就邀请刘峰一起听流行音乐，十分的暧昧，后面被政委逮到的时候，林丁丁偷偷捂着刘峰的手，就是这么一个删减的动作，让刘峰对于林丁丁产生了别样的想法，也就是这时候刘峰觉得自己有机会了。
当然，就算删减了，上映之后大家对于林丁丁的讨伐声也没有减少。
电影还有个修改的点，严歌林写的原小说里面，林丁丁的结局是被富翁抛弃所以在澳洲只能当保姆去了，电影里面没有把这段拍出来，而是说她变胖了。
或许是冯大裤子有什么自己的理解吧，觉得坏人未必有恶报。
但是时隔数年，《芳华》从刚刚开始上架那会几乎是全网的骂潮到了现在，网络上面对于《芳华》的风评好转，其实也证明了这部片子不算差劲。
网上还有一个对于《芳华》的另类解读，只能说是因为它处于七十年代这个敏感的边缘，冯小刚或许是真的见过，但是冯小刚拍这个电影绝对是“怀念”意义比起来“鉴证”的意义更大。
——
看完小说之后，此时的麦穗满脸的惆怅：“哎？小鱼，你觉没觉着，这个穗子怎么像是我和政委的结合体呢？！”
章小鱼说道：“其实我觉得刘峰更像是政委，只是他是另一个世界里面不会争取自己利益的政委。至于小说里面的‘政委’，我觉得就不是我们部队的老黄同志，也许是他对于组织上面的不满意的集合体？”
“也许吧，但是芳华已逝这句话写得真好。”麦穗摇摇头，对于小说无尽的感叹。
这篇小说让她产生了回到文工团的错觉
“……”
八六年。
《人民文学》这一期杂志已经出刊一周，外界的反响和销量还没来得及反馈
王蒙其实是比较关心这件事情的，他专门欠了一个人情就是为了这篇小说，他更加主要的目的还是在离别前夕给杂志社送上一份大礼，算是断一断自己留恋的编辑生涯。
今天是二十五，腊月二十五。
民间的说法是“腊月二十五，推磨做豆腐”，老首都城熙熙攘攘的，自然没有乡下做豆腐的那种条件。