就在柳生忙于国内建设的同时，日本内部也发生着变化。
自版籍奉还政策推行数月以来，新政府通过将原各藩藩主任命为藩知事、收归人事与税收权，实现了初步的中央集权。
在此基础上，以萨摩、长州、土佐、肥前四藩上交的军队为核心，整合部分旧幕府降兵，组建了第一支直接隶属于朝廷的军队——御亲兵。
这支军队按照西方模式进行改编，陆军卿山县有朋主持了整训工作。
军队被编为若干个步兵联队，并设立了独立的炮兵与工兵单位。
士兵换装了统一的后膛步枪，主要是从美国采购的夏普斯步枪和部分美国斯宾塞连珠枪。
火炮则向德国克虏伯公司订购了数十门不同口径的野战炮与山炮。
为提高训练水平，日本政府通过美国公使斡旋，以优厚薪金聘请了十余名美国南北战争时期的退役军官与军士长，担任军事顾问，负责战术与操典训练。
训练在多处兵营同时展开，重点演练线列步兵进攻防御、炮兵协同及后勤补给流程。
三四个月过去，时间已从寒冬转入初夏。
日本军部内部，以陆军卿山县有朋，陆军大辅西乡从道为首的主战派势力日益抬头。
他们认为御亲兵已初具战斗力，而北海国新立，根基未稳，且气候转暖利于跨海作战，是出兵平定北地的“良机”。
军部多次向太政官提交请战书，要求“速讨北海，以靖国体”。
柳生十兵卫虽专注于内政建设，但始终没有放松对日本的警惕。
军情局局长山崎烝通过安插在横滨、东京等港口城市的眼线，以及截获分析往来商船的信息，陆续发现了一些异常动向。
日本官方近期集中采购了大量野战口粮和医疗用品。
数个港口的运输船被军方征用集结。
来自美国教官的军事训练强度明显加大，并开始进行以“严寒地区”为背景的适应性演练。
山崎烝将这些零散情报汇总分析后，立即前往总统府汇报。
柳生听完山崎的汇报，脸上没有露出意外的表情。
他沉思片刻，对山崎烝说：“继续打探，尤其是船队集结的规模和确切地点。
同时，留意外交渠道，看他们是否会正式宣战，或制造事端。”
“是！”山崎烝领命，快步离开。
柳生随即召来海军负责人渡边笃。
他下令道：“将‘富士山’、‘北海’两艘蒸汽战舰调离箱馆港，移驻至北边港口待命。
注意隐蔽行踪，保持战备，但没有我的命令，不得与任何日方舰只接触。”
渡边笃问道：“总统是担心箱馆港会成为首要攻击目标？”
柳生点头：“箱馆目标太明显。把主力舰放到北边，既能保存力量，也能在必要时威胁其侧后或补给线，箱馆的防务，主要依靠岸炮。”
接着，柳生又签署了一份命令，命人立即送往松前要塞与箱馆山要塞。
命令要求松前要塞提高警戒等级，加强对津轻海峡方向的监视巡逻。
箱馆山要塞则需在保证质量的前提下，尽可能加快二期坑道与附属工事的施工进度，并开始向要塞内部预储至少三个月守备所需的弹药与粮食。