此次行营改制，朱慈烺将原本有多重职能的诸司拆分，形成东宫幕下的九大部门。
其分别是：
军务部
政事部
财政部
工事部
外交部
监察部
后勤部
情报部
宣讲部
原本对他直接负责的总参部并入军务部。
而一直独立在行营管辖之外也只对他一人负责的锦衣卫也并入新建的情报部。
当然，目前率领部分锦衣卫南下护卫崇祯的李若琏已经分属南直了，直接对崇祯帝负责。
长江以北留守的锦衣卫各组则是被朱慈烺交给了此前负责锦衣卫北方组收集满清和顺军军情的驸马都尉巩永固。
他也是新任的情报部部长，是朱慈烺最信任的几名勋臣之一。
军务部部长一职朱慈烺任命范景文担任
政事部部长李邦华
财政部部长曾化龙
工事部部长苏观生
外交部部长刘理顺
监察部部长凌义渠
后勤部部长沈廷扬
宣讲部部长倪元璐
另，东宫现下直辖四府，登莱两府合并为胶东特别行政区，原主官苏观生入幕中枢，由随朱慈烺一同南下后还活得好好的冯元飏接任行政区巡抚一职。
徐州知府宋权。
凤阳都督马士英，统管凤阳府军政大权。
东宫行营战时内阁拟定七人。
首辅李邦华，余下六名阁臣分别是范景文，曾化龙，苏观生，倪元璐，凌义渠和马士英。
点马士英入东宫战时内阁是朱慈烺对他现在推进凤阳府城清田工作的奖赏，也是对他的安抚。
果不其然，三日后从军驿快马处得知自己被太子点名入阁的马士英激动难耐，满眼泪光的朝着徐州方向恭谨叩首谢恩。
如今已经手握三万新练民军的马士英在朱慈烺的支持下钱粮充足，又在东宫行营里身居高位，可谓是忠心耿耿，丝毫不理会南京城方面的拉拢。
而在新制确立后，徐州也是取代登州正式成为了东宫行营的中枢所在。
依靠京杭大运河和南边淮安府链接的淮河河运以及海运，再加上现在已经铺设开的换马军驿路线。
东宫行营的各项调令在徐淮之地相较以往快了数倍不止，物资调集转运也是畅通无阻。
不过其中朱慈烺和一众内阁大臣们更看重的还是运河调兵之利。