尚可喜率部投靠螨清以后，虽说也被封了王，与孔有德、耿仲明两个并称三顺王，但是他本人的确跟孔有德、耿仲明这两位不对付。
尤其是对耿仲明，可谓是怀恨在心，恨之入骨。
这其中当然是有原因的。
不过这个原因，却并非像耿仲明避重就轻所说的那样，只是因为当年清虏军队攻克旅顺口后他杀了黄龙及其部属。
事实上，实情比更耿仲明轻描淡写的要残暴无数倍。
因为当时旅顺守军顽强抵抗，所以清虏军队在攻克旅顺口后，对城中军民实施了几乎是无差别的屠城行为。
尚可喜的妻儿老小及其宗族亲眷，多达数百口人，几乎被耿仲明率军杀了一个干干净，只剩下屈指可数的几个女眷被留了活口，最后还被掳走为奴。
而这几个被掳走的女眷，在尚可喜率部投降了螨清以后，又被黄台吉从耿仲明那里要了回来，还给了尚可喜。
尚可喜对黄台吉找回其家族女眷的做法，当然是感恩戴德，可是对几乎杀了尚氏全族的耿仲明，自是恨到了骨子里。
当然了，耿仲明在旅顺口陷落后杀戮尚氏全族，也不是随随便便杀的，而是一种刻意的报复。
甚至包括劝说和鼓动黄台吉出兵南下，去夺取旅顺口这件事情，其中都有这个耿仲明所起的作用。
原因是当时驻兵在旅顺口的黄龙，跟耿仲明是死对头。
耿仲明有个亲弟弟叫耿仲裕，在黄龙奉朝廷旨意前去东江镇出任总兵官以后，他因不服从黄龙的约束和命令，多次受到黄龙的处罚。
在一次东江军闹饷事件中，耿仲裕率军包围了黄龙的衙署，出其不意地扣押了黄龙这个总兵官并对黄龙百般折磨羞辱。
然而黄龙能够出任东江镇的总兵官，那也不是白给的，他也有一批自己的死忠将领，比如尚可喜，就是其中的一个。
所以黄龙被闹饷的耿仲裕所部扣押的消息传出之后，尚可喜率军前来解救，不仅击败了耿仲裕的兵马，救出了黄龙，而且还抓住了带头挑事的耿仲裕。
死里逃生的黄龙，自然不可能放过耿仲裕，于是不顾耿仲明的请托说情，很快就下令将耿仲裕斩首示众。
就这样，耿仲明与黄龙以及黄龙心腹部将尚可喜之间的仇恨，就深深结下了。
此后，耿仲明深感自己在黄龙治下的东江镇没有前途，就跟着孔有德渡海去了登莱，投靠了孙元化。
再后来，到了崇祯四年冬，祖大寿数万辽东精锐被围在大凌河城，崇祯皇帝抽调天下兵马前去解围，远在登州的孔有德所部人马也接到了命令，要开赴辽西作战。
孔有德所部东江兵马本就桀骜不驯，军纪就差，恰逢此次朝廷征调他们开赴辽西，又没有事先解决好粮饷补给问题，结果行军至吴桥时，发生了兵变，史称吴桥兵变。
吴桥兵变发生后，孔有德自然不敢往北行，于是率部回师登州，此时身为登莱巡抚孙元化中军副将的耿仲明，竟然在登州城内当了叛军的内应，使登州城一举落入叛军之手。
登州城落入孔耿二人之手以后，孔有德自封为都元帅，耿仲明也自封为总兵官，开始以登州为据点发动叛乱，史称登莱之乱。
就在这场历时两年的登莱之乱中，登州城内许多原来的登莱镇官员，比如孙元化及其从官没有被杀，他们于崇祯五年二月被放出，但是黄龙的宗族家眷却被杀光了。
由此可见，这个耿仲明有多记仇。
也正是因为黄龙的宗族家眷都在登州城内被杀，所以到了崇祯六年初，孔耿二人在登州无法立足，携叛军渡海出逃，准备投降螨清的时候，黄龙率部下在旅顺口一带设伏，大败叛军。
随后黄龙又率军对孔耿等人兵马围追堵截，穷追不舍，擒杀了孔有德部将毛有顺、毛承禄等人，并俘获了大量船只炮械，解救了大批被裹挟着渡海的登莱百姓。
也是孔、耿二人命大，最终逃过海去，逃到了螨清地界，随后率部剃发，降了螨清。
只是到这时，他们从登州出发时所号称的数万人马，只剩下了万余人。
经此一事，孔有德与耿仲明，对于驻兵在旅顺口的东江总兵黄龙及其心腹部将尚可喜等人，更是恨得咬牙切齿。
也因此，他们刚刚投降螨清，就开始向黄台吉献策，力主水陆并进拿下旅顺口，彻底扫清后方威胁。
结果就有了崇祯六年七月，后金天聪七年七月，黄台吉派贝勒岳托、贝勒德格类统率大军，以天佑兵为向导，攻占旅顺南北城的事情。
这一战中，总兵黄龙自杀殉国，而分屯海上的尚可喜，适逢出巡外岛而逃过一劫，但是尚可喜留在旅顺口的宗族家眷，却遭了毒手。