对于接下来的日子，碇真嗣一直以来都非常难熬，作为一度让初号机觉醒的扳机，即使是上海支部的人也不敢让他随便乱跑，所以就用几乎是软禁的方式将他关在了破军号的某个特制的船舱里，由NERV本部的人员对他进行看管。
碇真嗣的痛苦就来源于日本本部的人员对他进行的看管，这些人毫无疑问地在排挤、冷暴力他，但当碇真嗣询问到底发生了什么之后，除了时间莫名其妙地经过了五年以外，没有得到任何有效的回答。
愿意回答他的人不被允许接触他，允许接触他的人又都讨厌他，碇真嗣进入了一种两难的境地。
如果是原时空或者是旧轮回的碇真嗣的话，毫无疑问会在这种时候进入极端自闭，但现在的碇真嗣在作为一个兄长，担负起家庭责任和绫波丽生活了许久之后，早就变得足够坚强了。
虽然这种状态依然让他感到很痛苦，但他却并没有气馁，而是竭尽全力地从周围人的只言片语中尝试拼凑出足够完整的信息。
经历过一阵子的努力之后，碇真嗣基本上已经确定了一些事，那就是他现在所在的这艘船，实际上是属于NERV上海支部的财产，美里等人实际上是在一种寄人篱下的状态。
至于为什么会寄人篱下...碇真嗣似乎也搞清楚了，因为自己当初在拯救绫波的过程中，似乎引发了什么不得了的事情，导致全世界大部分地区都被毁灭了。
这可真是个残酷无比的结论，碇真嗣的脸色煞白，他不明白自己为什么能做到“毁灭世界”这种事情，但似乎因为这个理由而排挤、给他戴上奇怪的项圈，似乎也没有那么过分。
碇真嗣的心中升起了一股强烈的自我厌恶感，他觉得自己是不是现在就激活脖子上的炸弹炸死自己，对这个世界来说还更好一点？
但经过一番绝望的思索之后，碇真嗣又放弃了这种懦弱的想法，因为他知道还有人在等着自己去拯救，自己的妹妹绫波一定还活着，赤木律子那个女人肯定在说谎，绫波应该仍然存在于初号机的核心之中。
看着这位少年重新振作起来，加持良治暗暗地松了一口气，此时他正蹲在破军号的某个机房里，“借用”了一下碇真嗣房间的监视器线路来确认情况。
实际上碇真嗣这几天以来的“收集信息”和“推理”，都是他在暗中安排的桥段，NERV的残余人员中不乏仍然对碇真嗣持有同情心的人存在，认为这样一位少年就算不是完全无辜，也大概率是被他那个父亲给利用了，不应该受此对待。
所以加持就借此机会单独找这些人谈了谈，然后利用自身“副司令”的职权，调动这些“碇真嗣同情者”在“偶然间”路过碇真嗣的牢房，说出一些关键，但不太完整的信息。