各各他体进行轮回重置的手段，会将地球圈范围内包括“历史”也一同重置，这也是为什么在新轮回只有大约两千年左右长度的情况下，仍然能在地球上考古出数十亿年的的痕迹。
SEELE通过白之月这一“存档作弊器”保留每个轮回中发展出来的科技精华和过往记忆，在继承了这周目记忆的一开始就实现了自身灵魂形式的转变，也就是完成了“机械飞升”，舍弃了人类肉体，终于在这次的轮回中达到了尽头。
顺着之前的历史顺序，时间来到了本轮回的2000年，也就是葛城调查队前往南极进行研究的年份。
葛城调查队在南极的冰川之下挖掘出五个处于休眠状态中的ADAMS，由于基路·洛伦兹的剧透，众人一早就对白色巨人这种“神之生命”设计好了实验计划。
葛城博士并不满足于单单是分析研究亚当的身体结构和细胞特性，他更想要知道给亚当们注入身为人类的细胞到底会发生什么事，于是他们从五个ADAMS中选取了一个，进行了人类细胞注入实验。
然而就是因为这次细胞注入实验，直接唤醒了这第五个ADAMS，葛城调查队直接引爆了安装在这具亚当核心上的大当量N2炸弹。
这枚N2炸弹本身的威力其实是极其有限的，葛城调查队也事先计算过这颗炸弹的当量，应该“只能”炸坏这个ADAMS的核心。
但是，在这个ADAMS核心碎裂的一瞬间，爆发出了无与伦比的能量，冲天的光之十字架横亘在南极大陆的上空。
这股爆发出来的能量同一时间唤醒了剩余四个ADAMS，也不知是愤怒还是应激反应，剩余的四个亚当直接开启了自身的“神化模式”，爆发出了自身全部的力量，展开了光之翼，打开了Guf之门。
极高浓度的L力场瞬间冲击了半个地球，南极大陆的冰盖溶解，所有的海洋生物被“内核化”，海水变成了红色，大海成为了地球生命的禁区。
如果这样发展下去，那么这四个ADAMS一定会摧毁整个地球上的所有生命，但SEELE因为持有“剧本”的缘故，老早就做好了准备，他们通过某种方式，使用四个亚当自带的朗基努斯之枪，刺穿了她们的主人本身，强行终止了第二次冲击。
但这次冲击不仅仅唤醒了四个沉眠的ADAMS，还唤醒了深藏于地球各处，沉眠了数十亿年的“亚当子嗣”们，也就是使徒。
所有的使徒都有一个使命，那就是将“入侵地球”的罪魁祸首，也就是莉莉丝一系的所有生命都驱逐出去，这也是为什么使徒们一直以来都执着于进攻日本箱根的NERV本部的原因，因为莉莉丝“本人”就在那里。
而人类作为莉莉丝的子嗣，和莉莉丝之间的契约，就是击败亚当一系的子嗣，使徒，并在此之前绝无可能洗脱原罪，回归“纯洁无垢的天堂”。
不过人类始终有自己的小算盘，拥有智慧果实的他们在内部分裂成了两个派别，一个是“弑神派”，另外一个是“回归派”。