阿罗拉的空间研究所中。
究极调查队的人们正在协助检测。
达尔斯：“检测到拉纳基拉山上，出现了奈克洛兹玛的反应....能量源是两个，天空裂开了巨大的黑色缝隙，阿罗拉的光明开始被夺走了。”
“一切都如预测的一样。”
阿玛茉：“检测到奥卜利比亚方向空间出现大幅度扭曲....呼呼！除去奈克洛兹玛们打开的究极洞穴之外，阿罗拉的空间其实还算安定，因为有那个【空间的大尊】在这里，对吧？”
“只要那只宝可梦在这里呼吸，究极洞穴就无法长时间的维持...所以，入侵的方向是，从大海对面过来的....从奥卜利比亚地区过来的喔！”
芭内特博士：“好惊人的空间扭曲，拉纳基拉山上的波长且不说，奥卜利比亚方向....虽然我没去过那个地区，但是这个波形，简直就像是星球被撕开了口子！”
“大量的高能反应，就像是海啸一样.....！在里面还夹杂着其他的东西...啊，RR队，进入这个世界了！坐标无误！”
“启动了那个空之要塞，对吧？传说中，奥卜利比亚的古代国王，用来镇压民众，征服世界的神之武器。”
“各个岛屿之王保护自己的岛，异兽军团大批大批的从奥卜利比亚的天空出现，渡海来了，让阿罗拉的岛屿之王，队长们，巡礼者们，所有的精英训练家，准备迎击！”
而在拉纳基拉山的山顶上！
这座山，自古以来，被崇敬为【阿罗拉的神圣的灵山】！
3000年前，光之掠夺者在这里，和卡璞们，展开了激烈的战斗！最终以阿罗拉的人和卡璞的力量获胜，作为结束！
“快看！”
有人大声呼喊，为了对抗光之掠夺者，在灵山上出现了某种巨大的身影！
啊...那个东西是！
参与过巡礼的人们，都搜集过同样的东西，也听过那个家伙的传说！现在...它出现了！
于是，有人举起手臂，那是卡奇！
“喔！为了巨大金珠！那是我们辛苦赚到的报酬，所变化的传说的宝可梦！”
“噢噢噢噢！！！上啊！”
“为了钓竿！为了钓上盖欧卡和洛奇亚！”
“为了哞哞鲜奶！为了特制料理！为了阿罗拉！”
“为了卡璞和土地——”
土地神们，也一定在向着这边。或者在岛屿上，等待着和究极异兽们战斗的时刻！重现阿罗拉的故事！
在天空中，卡璞·蝶蝶出现了！高兴的飞来飞去！撒下治愈的鳞粉！
人们的欢呼声，鼓舞声，振奋的声音，如潮水一样开始涌上天空！
“听得到吗！”
“那个姿态，既不是狗，也不是蛇，而是为了排除威胁而显现的，超越100%，甚至是聚集200%的力量所出现的.....”
“传说的巨神！基格尔德！”
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美乐美乐岛上，长者哈拉看着出现在岛屿天空中的究极之洞。
“岛屿之王。做事之王~”
“从刚刚起。我就心神不宁，原来是预言之日到了...不过，日食是吉兆啊，真的以为黎明不会再升起吗？”
“唔，其他的地方也有异兽入侵，我的伙伴们啊....拜托你们了！”
伴随着电闪雷鸣的声音，卡璞·鸣鸣，掠过天穹！
哈拉：“来到这里，是作为土地神，还是只想一战？又或者，二者皆是！”
“被授予传说之Z的人们....究竟会是哪四个人呢？能够拥有强烈的光和气息的人们啊....！”
出现在哈拉身前的，是一只砰头小丑！
代号为“ＵＢ：爆炸“。它会用爆炸吓唬对手，趁那空当夺走对方的生命气息，将其转换为自己的能量！
看起来，就像是一个，可以自由取下头颅的，人形的游乐园小丑。
如果远远的看过去，确实无法分辨对方究竟是人类，还是究极异兽！
“不过，出现的家伙不止一个....但是，阿罗拉地区的洞穴，很快就会关闭！敌人在大海的对面！”
...............
阿卡拉岛，乌拉乌拉岛。
岛屿女王丽姿，岛屿之王默丹，都看到了巨大的异兽，只不过....默丹这边的异兽，稍微有点不一样。
“和预测中的不同....大胃王没来，换成了其他的家伙....ＵＢ：堆砌。垒磊石吗。”
默丹看着眼前的，伪装成建筑物的异兽。
据说在异兽之中，这家伙算是比较好相处的，但即使是这样，它与对手对峙或感到极度愤怒时，每一块石头的眼睛都会发出红色的光，它是复数的生命形式，并不是常规可见的存在....
但不管怎么讲，这家伙比起大胃王要更好一些，而且既然恶食大王不在这里，那就是....
“去了波尼岛吗。莉拉....你要小心....”
默丹回过头去，忽然看到一个红衣秃头大叔。
“咦...山樱？你不在天文台，怎么来这边了...?”
山樱先生：“默丹！我来帮你吧！”
默丹：“喂喂，真的假的，现在的你还有什么力量？”
山樱先生：“诶呀，被小看了，三十年前的我，可是非常强的！”
“好歹，也是正义的宇宙人嘛！让我来呼唤流星吧！在阿罗拉地区，可以看到大量的特殊的宝可梦，那就是小陨星！用我的力量，让它们投下星光！”
“这幅燃烧殆尽的残躯，还有着用武之地呢！只要看到星星，向着宇宙——”
“即使太阳和月亮消失，也能稍微照亮这漆黑的世界！”
................
波尼岛，波尼旷野附近。
从天而降的恶食大王，追寻着熟悉的气息，开始了搜索！
终结洞窟！终结洞窟！许多年前，它曾经降临在这里！
为了吞噬食物而来到这片土地。却被人类和这里的生物联手击退....理论上来说，应该去究极大厦那种地方大吃特吃，但恶食大王忘不掉这里的光芒....
也忘不掉这里的气味！
比起究极大厦要温暖，比起究极大厦要干净，太阳和风，以及水和泥土，都是自己所喜欢的！
虽然说，不管什么都能吃下去....但如果能吃点好的，总是希望....更好一点！
“想要吃美味的料理吗？从这一点上来说，我和你是同样的存在。”
“数年之前....另一位Fall，就是被你杀掉的吧....一旦击杀过人类，或者违背了自然规律，残忍的杀害其他的生命的话，你也就无法回头了。”
“怀抱着究极异兽本身也是一种生命的想法，我参与了UB的保护行动，但是却被你们视作眼中钉和猎物....这就是Fall的宿命....但唯有你，和其他的不一样，甚至与其他地方的恶食大王，也不一样。”
“其他的恶食大王，可能只是误入，但你不同.....因为你捕食过人类，并不是究极大厦的人们口中的【贪吃鬼们】，对吧！”
恶食大王（猎杀人类者）转过庞大的身躯，看向了出现在自己身前的紫发女人。
【美味的光芒啊！是上等的食物！好吃！】
它拥有把任何在眼前的东西都吃尽的骇人食欲。据说它连大地、海以及河流，甚至人造物体也会吞干净，平时一直不停地在捕食。使用从嘴里伸出来的２条巨大的舌头，也不管是无机物还是有机物，把所有东西都捉来吃掉。
吃下的食物全部被转换成了它的能量！
【像是你这样的美味，可不多见啊！！！数年前之前，确确实实，吃过一只！】
【究极大厦的那些钢筋铁骨和废墟，有什么好吃的....我真是搞不懂那些蠢货。】
【只有像是你们这样身上充满光和力量的生命，才是最为美味的食粮！】
莉拉戴上了黑色的手套：
“是吗....我能感觉到你的情绪....似乎也能不可思议一般的，知道你在说什么。”
“让我们了结彼此的恩怨吧，我会穿越究极之洞，就是你的影响....应该是没错的！”
“而一想到无数的平行世界之中，总会有一只恶食大王，为了食欲打开洞穴，再将无数个我，抹去记忆和人格....”
“唯独你，只有你！不能放过。”
“我的手开始颤抖....那是想要报仇的感觉！我要让你知道.......失去记忆的，人类的愤怒！”
“嗷！！！”血红色翅膀的暴飞龙振翅而起。
莉拉的手上，光辉石释放强烈的光芒！
“染血的新月，咆哮，灼烧，用怒火之炎烧净一切，暴飞龙.....Mega进化！”
“以及——”
“卡璞·哞哞！请战斗吧！”
神之吹息，唤出漫天的黄沙，土地神以愤怒之相，显现于恶食大王的身前！
................
小光在对战树的顶层，眺望着远方的海面，在大海的彼方，已经能看到一些巨大的绿色身影。
喷射着烈火，穿越天空，如火箭一般。
“那些是....【铁火辉夜】吗？呜哇....全都是发育好的个体，和辉夜大小姐不一样呢。8米和10米的差距真的很大，虽然辉夜大小姐说她已经有所成长，但完全看不出来。”
“又说因为安装了宇宙飞船的启动装置，所以火力更猛烈....？但好像也不是那么回事吗。”
“如果没错的话。这些铁火辉夜里面，有一些是曾经的大小姐的朋友吧....真可怜....要把她们送回去吧。对吧。”
在小光身边，克雷色利亚释放新月的光芒。
帕路奇亚进行空间的呼吸。
其他的宝可梦们，也已经准备就绪，战斗一触即发....土地神们也化为流光冲上天空！
出现在自己身边的是——
卡璞・鳍鳍！
“愿意把力量借给我？还是选中了我...我很荣幸！”
“大量的....超兽军团，数量至少在五十只，不，一百以上，还有更多....”
“咦？”
不过，透过帕路奇亚的力量，看到遥远广阔的空间。有一团黑影出现在那些究极异兽军团之中，来回穿梭，不断的使用黑色的光芒，被黑光击中的异兽，就会从天坠落，跌入大海之内。
那个是....小光一愣，其实，她很熟悉，因为神奥地区也有这种幻之宝可梦。
前辈所说的，可能会从黑影之中而来的帮手。
当然不会是玛夏多，因为玛夏多已经前往了拉那基拉山....前辈也去了那边。自己在这里待着，就能让前辈感觉到最大的安心...
没错，就是这样，只要是前辈的请求，自己都会去完成。因为是如此的被信任着，毕竟...自己可是神奥的冠军啊。
“暗影中的帮手，是巡护员们那边的【达克莱伊】吗？曾经看守过阿尔米亚之王的达克莱伊啊....真的出现了呢。”
“这一次不是作为敌人，而是作为帮手吗，看起来【暗黑洞】是非常厉害的吧....它的命中率，变得相当高呢。”
虽然对于达克莱伊（阿尔米亚）来说。这次的战斗，纯粹是意外。
【怎么回事，从异世界而来的东西，也实在是太多了....！失去了黑暗水晶的力量之后，使用技能...居然如此疲惫....！】
【本来只是担心那些年轻人会不会出事，所以才藏在他们的影子里，结果却目睹了这样一幕，不出手也不行了！咕，明明前几个月都很安稳，完全看不出会有这么大场面的样子....】
【我不是应该来这里休息的吗....！？之后....】
唰——
一道凌厉的光刃，忽然劈开天空！
将一只飞行中的铁火辉夜。砰的一声斩落！
【噢噢....那是什么？异兽在互相战斗？没有被控制，而是凭借自我意志行动的新的异兽吗？看起来。像是纸张？】
达克莱伊（阿尔米亚）看向天空的裂缝。
虽然听不懂那只异兽在说什么。但是能看出来，它好像也很焦急的样子。
...............
【又砍了无聊的东西！剑舞剑舞——暗袭要害！】
突然袭击其他异兽的，自然是纸御剑！
曾经在合众地区，因为铁火辉夜的事情，而坠落于这个世界，之后成功返回。但因为感受到这里的某个人的剑术差距，因此而下定决心重新锻炼。
在纸御剑的世界之中，生存着人类。
那个世界，叫做【究极森林】。
是一片茂密的原始森林，长满了参天大树，但中心的部分区域，则是像是“枯山水”一样的地方。
纸御剑们，被那个世界的人类们，当做【剑术之神】而尊崇着，侍奉纸御剑，向其讨教，修炼剑术的人，被挑选中的人，被称呼为【神纸使者】！
原本，纸御剑在打磨自己的剑术。
以求来日，能够再度和那柄钢之巨剑一战。
但来自究极空间的黑暗....来自宇宙中熄灭群星的黑暗，让究极森林也陷入了无光的长夜中。神纸使者们不知道该和什么样的敌人战斗，于是....
大批的究极异兽，掠过了究极森林的天空！撕裂了空间！
【变得太混乱了....居然被大军团带到了这里.....里面还有其他世界的，和我们一样的同族！同样作为利刃和凶器，却被某种力量所控制....！】
【剑士的军团吗？】
【但是，生在了好时代啊！】
【正是如此，这也是磨练剑术的，绝佳的机会！好不容易再度来到这个世界.....斩杀一点有趣的东西吧！而后，这就是我所锻炼的成果——】
【“圣剑！”】
纸御剑挥出利刃，再度将一只铁火辉夜的喷射器劈落，忽然抬起头来。
在宇宙中，有流星显现！
有什么东西出现了，至少在三只以上！像是宇宙人一样的生物！
那个是....？
...............
在万米以上的天空云层中，观测到奥卜利比亚发生大气震动，并且空间扭曲的，还有代欧奇希斯们。
宇宙警备队的代欧奇希斯们，从丰缘地区来到了这里，蹲守在奥卜利比亚的天空上，等待着....击落那个要塞的时候！
杰克（菲蕾的代欧奇希斯）：【超巨大陨石都被打落了....除非是千年彗星那种东西，否则...】
【不管怎么说....UB军团的数量，也太多了！这是多少个世界的究极异兽都被一口气带过来了？简直是遮天蔽日！】
初代（七岛的代欧奇希斯）：【喂，不要说这种倒霉的话，万一真的被丢陨石可怎么办？】
【50只...？不，至少在500只以上吧！唔，用人类的话来说，都可以凑几个地区图鉴了。】
佐菲（天国的代欧奇希斯）：【这个玩笑可不好笑...再说了，一个地区的宝可梦的数量，可是远远高于这个数字....就算是在原本的世界中，究极异兽也不过是随处可见的家伙....只是到了这里，会变得特别危险。】
【是时候去履行职责了，奥卜利比亚地区还有遗落的四颗陨石，等待光之勇者将它们带回来吧....！】
【这次的活动时间，和上一次不同了....会战斗到能量耗尽为止！】
代欧奇希斯们互相交谈，而后，开始进行光束蓄力！
...............
岛屿附近的海洋中，海豚侠用特殊的超声波，召集了大量的水属性宝可梦，来守卫诸岛，阿罗拉的土地和海洋都是赖以生存的家园，这个时候，作为星球本土的生物，必须要加入抵抗的行列中！
大海的英雄，见参！自己就是为了这个时刻，才从帕底亚地区，来到阿罗拉的！
“恰！”
【“哦！是海星曼！”】
海豚侠看到从天空中旋转着飞落过来的宝石海星，这下海超人和大洋游侠，终于齐聚了！
不过，好像有点不对劲？
宝石海星身上有什么东西在蠕动....一二三四五....
“百百百....变啊！”
海豚侠：【“莫非是....那些通缉令上的百变怪五只帮？”】
【“这是要做什么呢？”】
海豚侠如此困惑着，但很快就了解了！只见宝石海星掏出了水之石！
当然，水之石没什么意义，只是cos一下超进化石，在生命力量用完之前，它都可以自己超进化，而当耀眼的光芒闪过，宝石海星变为超级姿态之后。
那被人们通缉的百变怪五只帮，对超级宝石海星，使用了【变身】！
变身——变身成对手宝可梦的样子，能够使用和对手完全相同的招式，属性特性，以及除去HP之外的，攻防速度的五项种族值，会完全相同！
一二三四五六！
超级宝石海星战队，紫色连者！
【“宇宙警备队队员，全员在此！”】
【“全都来支持了！”】
————————
在奥卜利比亚的大海上，在古代的彩虹祭坛上，高举彩虹圣杯吧！如此一来，就能唤来远方之虹！
南美举起了圣杯，她如约通过了虹之试炼，成功回应了人们的期待，在看到圣杯当中涌起虹光之后，她便明白，自己在现世的工作，完成了。
凤王已经到来，不仅仅是为了奥卜利比亚，也为了照亮更遥远的阿罗拉。
“不管几次，我都要捕获阿尔宙斯，献出了吻别的我，现在什么都能战胜！”
“爱和自我....我会反复的读档....让光之神殿和天空要塞。在这个世界消失！”
当圣杯被放回祭坛上，虹光源源不断的为凤王指引着方向，而在祭坛上的少女，还有另一位。
在日轮祭坛上吹奏完太阳之笛。
便借助神奥大尊的力量，超越空间，来到彩虹祭坛上等待，终于，在天地黑暗，并且连奥卜利比亚地区，也开始天摇地动的时候....
异次元的....兵器，到来了。
“我要...吹响！芙芦拉之笛！”
莉莉艾的笛声，还在持续。从彩虹祭坛上，传递到西之海。再顺着风，传递到东之海。遥遥远远的....使古老的神话，再度显现！
在奥卜利比亚的遗迹后方，如镜子一般的大湖突然分开，通向异次元的门户，就此打开！