明代首功制与事功制之争论由来已久。之所以在中后期首功压倒事功，也只是无奈的选择。
两种制度的优缺点都很明显，不是今日所需要讨论的。既然皇帝要求实行事功制为主、首功制为辅，想必其肯定是已经权衡过代价了。
应皇帝“军功制度简化”的原则，众人最终决定将军功粗分为三等：破阵功为第一等，固守功次之，斩首功为末等。
军功以集体功为主，实行二级分配制度。如首功的赏格，短时间内并不会明显缩减，只是将赏格分成两份：四成用于参战单位均分，六成由基层军官根据每一名士兵的战场表现实行差额分配。
队长报功，需要所有队员签字画押；哨长报功，需要所有队长签字，以此类推。
对军功分配有异议的，允许越级匿名举报，最高可以把官司打到御前。个人可以向兵部衙门或者南镇抚司衙门提交举报材料。
由于李成梁等地方将领谎报军功成风，大明朝廷对于如何核验军功的真实性，已经有了非常丰富的斗争经验，甚至验功的严格程度已经到了变态的程度。
但繁杂的流程，不仅会抹杀掉将士们的军功，更大的弊端是走完这一套流程，往往需要数个月甚至是数年的时间。
这既是朝廷行政效率低下的表现，也可能是由于财政困境故意拖延而导致的，这极大地打击了将士作战的积极性。
所以，朱由检开创性地提出了“军功预支付制度”：朝廷首先根据主将提交的报功奏疏，下发七成赏赐；核验后，再决定要不要下发另外的三成，抑或是对谎报战功的主将进行追责。
其实这些制度并非多么先进，之前的皇帝无法实行，而朱由检可以实行，无非就是他对手底下的将领给予了更高的信任度而已。
当然，秉承“责权一致”的原则，更高的信任度也意味着将领们需要为自己所说的每一句话、写的每一个字负责。
监军太监这一关键角色得以保留，他们拥有直接向皇帝“打小报告”的权利。
但朱由检不允许他们干涉具体的军事行动，也不需要他们用“打小报告”作为威胁，干涉军事、索要财物等，将领同样拥有举报监军太监的权利。如果监军太监触碰了这两条红线，一经核实，杀无赦！
宫中潜规则：太监办砸了差事，就是个死，毕竟太监其实是低人权群体。朱由检本人对宫女、太监还算不错，驱使他们更多的是使用正向激励的手段。
为了让监军太监卖力干活，太监有纠出军中违法乱纪、谎报军功事的，直接由内廷下发赏赐，可累功升职；
而为了防止他们胡乱攀咬，军中无事或者立功的时候，监军太监作为军队的一员，拥有分享一份基本军饷、战利品或者赏银的资格。监军太监只能汇报不法事，不能为军队报功，不得干涉将领的升迁。
所有的制度都是基于现实、为现实服务的。首级军功制成为主流，是因为文官朝廷对军队的天然不信任；监军太监的存在，是皇帝对将领的不信任。
而朝廷和皇帝的担心不是多余的，是一代代的将领作出来的。将领这样做，又不全是出于对进步的渴望，很可能军队已经到了缺了朝廷的封赏就无法维系的地步，这又是由于财政崩溃所导致的。