小案看人情，大案看政治。威慑归威慑，但这只是私下博弈的手段。既然这件事被熊文灿这个王八蛋给捅到了明面上，那么朝廷就必须要有一个官方的定性。大事开小会，小事开大会，朱由检经过和六部尚书、内阁大学士们的商讨，决定处置如下：
袁崇焕的罪名，自然是擅杀将官。《大明律》规定，凡将官、总兵官，非奉朝廷明文，擅杀所属军人或降人者，杖六十、罢职，发边远充军。
但考虑到袁崇焕对于郑鸿逵的身份可能存在误判，以为他的“海寇”只是冒充朝廷千户，所以酌情减轻处罚；
又本着大明“功罪同议”的原则，袁崇焕治军有功，对福建财税方面的处理也堪称巅峰，功过相抵，则仅以调离处理，责令其向朝廷递交认罪书，调任之后闭门思过三个月。
而对于郑芝龙，也是臭骂一顿，但并没有挑明他派兵袭击官军。虽然彼此双方对于真相心知肚明，但要是真的把这件事情定性，朝廷就不得不与郑芝龙开战了。
因为朝廷必须要为战死的明军将士讨个说法，所以做了这样的姑息处理，朝廷还需要在原有的抚恤标准之上，再增加一笔补贴，表明了朝廷知道了“你们受了委屈”。
朝廷不是故意处事不公平，而是形势如此，朝廷不得不做出妥协，但并不意味着朝廷对于自己将士以及治下百姓的冷漠，有朝一日定会为他们讨一个公道，将凶手绳之以法。
郑芝龙的罪责，是“治下不严”之罪。其麾下千户官郑鸿逵假扮海寇，劫掠朝廷水师，死有余辜，当然，这纯属他的个人行为，并非是受到了郑芝龙的指使。
这一点在刑讯的时候通过郑鸿逵的供词得出，并且由郑鸿逵本人签字画押认定，白纸黑字、朱砂手印，铁证如山。
责令郑芝龙严厉约束部下，允许他将功折罪，率部剿灭在伶仃洋一带作乱的刘香佬，以及在最近活跃在料罗湾及浯屿洋的李魁奇部倭寇。剿灭倭寇给他算战功，人头十两银子一个，小头目和贼酋酌情增加赏格，最后核算功绩，不吝封侯以待。
封侯这个，就是纯粹的画大饼了，你连建奴都没杀一只，还想封侯？想屁吃！
当然，这一系列明的、暗的处置，也不确定能不能摁着郑芝龙认下。毕竟他年轻气盛，二十多岁就有了几百条战船、两万余部众，比水泊梁山的宋江牛逼多了，他不狂谁狂？
一个政治老油条的行为逻辑，反而是容易预料的；而像他这样的愣头青，行事反而是难以预估。就像一代草原天骄俺答汗，在大明腹地杀了个七进七出，西面杀到了长安城下，东边打到了北京城脚，让大明为了抵御他的入侵忙得焦头烂额；
但到了老了之后，他却成为了大明的忠实“舔狗”，好多次派使者求和，都被大明边将贪功诱杀了，暴怒之后态度如初，继续向大明寻求和平，真就是“待大明如初恋”了。
为了应对郑芝龙可能到来的打击报复，朱由检调遣了三千骑兵南下，由周遇吉、黄得功、孙应元分别率领，旨在作为应对倭寇沿岸袭击的快速反应部队，部署沿海。
如果郑芝龙没有跟朝廷翻脸，也可以去清缴那些小规模的土匪、海寇，特别是那些热衷于劫掠朝廷税银的“不开眼”的蟊贼。